موارد کاربرد گنادوتروپین ها را می توان به دو دسته اصلی تشخیصی و درمانی تقسیم بندی نمود:

۱- کاربردهای تشخیصی
تشخیص بارداری:
. در حال حاضر کیت های خانگی تشخیص بارداری حاوی آنتی بادی هورمون hCG هستند. این کیت ها معمولا از یک یا دو هفته بعد از وقوع بارداری قادرند تا هورمون hCG را در ادرار خانم ها تشخیص دهند (آزمایش صبح ها انجام می شود).
برای تشخیص اینکه آیا بارداری به خوبی پیش می رود یا خیر، نیاز است تا این هورمون در خون توسط آزمایشگاه اندازه گیری شود.

تعیین زمان تخمک گذاری:
. با توجه به اینکه معمولا تخمک گذاری ۳۶ ساعت بعد از به اوج رسیدن مقدار هورمون LH در خون اتفاق می افتد؛ لذا اندازه گیری این هورمون با استفاده از کیت های خانگی، به تعیین بهترین زمان برای نزدیکی کمک می کند.
به این منظور بعد از روز دهم یا دوازدهم دوره قاعدگی، هر ۱۲ تا ۲۴ ساعت باید هورمون LH در ادرار مورد سنجش قرار گیرد.

تشخیص بیماری های تناسلی:
. پائین بودن هورمون های FSH و LH معمولا نشانه ای از نارسایی هیپوتالاموس یا هیپوفیز است؛ در حالی که بالا بودن آنها ممکن است حاکی از بیماری گنادها (تخمدان یا بیضه) باشد.
. چند نوبت تزریق hCG برای آقایان و اندازه گیری تستوسترون خون، تعیین کننده این است که آیا عیب مربوط به مغز (هیپوتالاموس یا هیپوفیز) است(بالا رفتن مقدار تستوسترون)؛ یا ایراد از سلول های بیضه می باشد (عدم تغییر در مقدار تستوسترون).