کاربرد های بالینی اصلی استروژن ها عبارت است از:

۱️- درمان هیپوگنادیسم اولیه
(استروژن باعث پیدایش صفات ثانویه جنسی و رشد فرد می شود)
۲️- درمان آمنوره
(تجویز دوره ای استروژن به همراه یک پروژستین، باعث ایجاد قاعدگی می شود)
۳️- جلوگیری از بارداری
(استروژن به همراه یک پروژستین مانع بارداری می شود)
۴️- هورمون درمانی بعد از یائسگی
(استروژن جلوی نشانه های یائسگی و تحلیل استخوان ها را می گیرد)

هیپوگنادیسم اولیه
یکی از کاربردهای مهم استروژن ها، برای جبران کمبود این هورمون در خانم هایی است که به دلیل عدم تکامل تخمدان ها، به استروژن نیاز دارند.
درمان هایپوگنادیسم اولیه معمولا از سنین ۱۱ تا ۱۳ سالگی شروع می شود تا ضمن آغاز صفات ثانویه جنسی، قاعدگی و رشد، از بروز عوارض ناشی از کمبود این هورمون نظیر پوکی استخوان جلوگیری شود.
درمان با دوزهای پائین اتینیل استرادیول یا استروژن های کنژوگه آغاز می شود (از روز اول تا ۲۱ هر ماه ) و به تدریج دوز استروژن افزایش پیدا می کند، با مشاهده اولین خونریزی ماهانه، یک پروژستین هم به این رژیم اضافه می شود و درمان تا سن یائسگی ادامه پیدا می کند.